Jedným z hlavných dôvodov je, že sa Franklin v roku 1847 v Anglicku vysmial Johnovi Rossovi, ktorý mal viesť záchrannú akciu v prípade potreby. Franklin si s Rossom nedohodol žiadne miesto stretnutia, ani miesto, kde by Angličania nechali ďalšie zásoby. Expedícia bola teda príliš sebaistá, čo sa jej nakoniec stalo osudnou.

V zime 1847 uviazli lode vo Viktóriinom prielive. Na lodiach došlo k niekoľkým prípadom kanibalizmu, a tak sa Franklin rozhodol, že nebude čakať do leta a expedíciu povedie po pevnine. Toto rozhodnutie učinil napriek skúsenostiam z hrozivého pochodu zo svojej prvej kanadskej expedície.

Je zrejmé, že v chladných severných oblastiach sužovali námorníkov rôzne choroby. Tuberkulóza, zápaly pľúc a mnohé ďalšie zabili alebo oslabili mnohých členov výpravy. Expedícia mala síce zásoby citrónovej šťavy, no tá po troch rokoch stráca vitamín C, a tak členov výpravy postihla najhoršia námornícka choroba, skorbut. Skorbut je choroba, ktorá vzniká z nedostatku vitamínu C, spôsobuje krvácanie ďasien, vypadávanie zubov a smrť.

Zrejme najväčším faktorom, ktorý zapríčinil hrozivý koniec výpravy, je otrava olovom. Vysoké množstvá olova našli vyšetrovatelia v 20.storočí po nájdení niekoľkých tiel z expedície. Olovo sa do tela námorníkov dostalo pravdepodobne z konzervovaného jedla. Otrava olovom spôsobuje ako fyzické, tak aj psychické ťažkosti. To vysvetľuje aj chybné údaje, zvláštne formulácie a nejasné správy, ktoré velitelia zanechali v lodnom denníku.

Franklinovu loď našli vedci len nedávno. V roku 2014 sa v studených vodách Severnej Kanady podarilo nájsť jednu z expedičných lodí pochovanú ľadovým oceánom. Loď ležala v ľadovom oceáne viac ako 150 rokov a za tú dobu sa stala najhľadanejšou loďou histórie.